基金会理事会下设秘书处，负责基金会的日常工作。秘书处设办公室、项目部、校友部和财务部，目前共10名全职工作人员。本会严格按照国家基金会管理条例有关要求选举基金会理事，全体理事均未在基金会领取报酬，且无近亲属关系的理事任职现象。

理事长简介：

陶勇——1969年10月生，现任南京航空航天大学党委副书记，曾任南京航空航天大学党委组织部部长、校长助理。2017年12月担任南京航空航天大学教育发展基金会理事长。

秘书长简介：

李和新——1981年3月生，现任南京航空航天大学发展联络部部长、党政办公室副主任，曾任南京航空航天大学民航学院副党委书记。2023年12月担任南京航空航天大学教育发展基金会秘书长。